O objetivo deste artigo é elucidar a polêmica entre Fichte e Jacobi na fase da Doutrina da Ciência nova methodo. Defende-se que nessa fase a oposição jacobiana entre “especulação” e “fé” (ou “vida”) cunhou a metodologia da Doutrina da Ciência. Como mostram os escritos de Fichte que estão relacionados com a querela do ateísmo, Fichte apropriou-se da crítica de Jacobi ao conhecimento do entendimento que se orienta exclusivamente pelos princípios da explicação teórico-construtiva e adotou a concepção da Doutrina da Ciência como uma elucidação do “condicionado” que parte da evidência da fé, esta evidência sendo entendida como essencialmente prática. Sob esse aspecto, a metodologia da Doutrina da Ciência nova methodo corresponde à concepção do conhecimento da “razão” que Jacobi apresentou na segunda edição do seu livro sobre a doutrina de Espinosa. No entanto, apesar desse consenso com Jacobi há uma divergência entre a posição de Fichte e a de Jacobi, na medida em que a Doutrina da Ciência não adota o realismo acerca dos objetos da experiência que é indispensável no ponto de vista da “vida”, submetendo este a uma explicação construtiva.